Les 7 meilleurs outils de facturation pour auto-entrepreneur

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Vous recherchez un logiciel de facturation adapté à votre micro-entreprise ?

Si les solutions professionnelles sont très nombreuses, les fonctionnalités des grands CRM peuvent sembler bien trop titanesques par rapport à vos besoins réels.

Vous trouverez donc dans cet article une sélection d’outils de facturation spécialement prévus pour les auto-entrepreneurs, mais également quelques précisions pour vous aider à faire le meilleur choix, au meilleur prix.

Certains outils dans cet article sont sponsorisés. Ils comportent la mention "Sponsorisé". Découvrez comment sponsoriser votre outil.

Qu’est-ce qu’un logiciel de facturation ?

Si les obligations comptables des auto-entrepreneurs sont réduites au strict minimum (dont tenir un journal des recettes et éditer des factures dans les règles de l’art), il n’en est pas moins essentiel de réaliser ces tâches avec le plus grand des sérieux.

En effet, la loi impose le suivi de règles strictes concernant la création de factures par l’auto-entrepreneur, ce qui inclut, par exemple, l’ajout des mentions légales obligatoires.

Les outils de facturation pour auto-entrepreneurs ont alors pour objectif de simplifier autant que possible l’édition de factures, afin de permettre aux indépendants de se concentrer sur leurs tâches principales. Ces logiciels permettent d’éviter les erreurs courantes de saisie, de centraliser les différentes informations liées à la facturation, ainsi que d’automatiser des processus souvent chronophages. La plupart de ces outils comprennent également une saisie automatique des informations à conserver dans le journal des recettes.

Comment choisir son outil de facturation pour auto-entrepreneur ?

La définition de vos besoins réels est l’étape première et indissociable du processus de sélection d’un outil de facturation pour auto-entrepreneur. Les fonctionnalités proposées doivent être pertinentes et adaptées aux spécificités de votre situation. Ceci, afin d’éviter l’accumulation d’éléments surchargeant le tableau de bord de votre logiciel, et de ce fait en faciliter votre prise en main.

Il est également bon de vous interroger quant au budget que vous souhaitez allouer à l’acquisition d’un tel outil ; comme nous allons le voir, certains d’entre eux sont gratuits, tandis que d’autres proposent des fonctionnalités avancées payantes.

Si votre entreprise tient à son actif de nombreux clients, il peut aussi être utile de vous orienter vers un outil de facturation pour auto-entrepreneur qui soit également un CRM (outil de gestion de la relation client). Ces logiciels, en plus de vous permettre d’éditer des factures, comprennent également une fonctionnalité favorisant le pilotage optimal de votre activité, dont le suivi de la clientèle et des informations clés relatives à chaque client.

Notez également que les petites et micro-entreprises seront soumises à l’obligation d’émettre des factures électroniques à partir du 1er janvier 2026 : il est donc essentiel, plus que jamais, d’opter pour un logiciel prenant en compte cette nouveauté. Enfin, l’outil de facturation pour auto-entrepreneur choisi devra être conforme à la loi Anti-Fraude TVA dans le cas où vous seriez assujetti à celle-ci.

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1. Kolirys

kolirys, logiciel de gestion d'entreprise et de facturation

Kolirys est un logiciel de facturation et de gestion complet, conçu pour répondre aux besoins administratifs des entreprises de tous secteurs (auto-entrepreneurs et sociétés françaises).

Il propose une gamme étendue de fonctionnalités: devis, factures, clients, dépenses, synchronisation bancaire, signature digitale, plannings, tâches, contrats, etc…

Son interface intuitive permet une prise en main rapide et efficace, facilitant ainsi le travail des entrepreneurs (TPE, PME, ETI et GE).

Le logiciel se distingue par son service client très réactif disponible au quotidien par téléphone, discussion instantanée ou par e-mail ainsi que son engagement à ajouter régulièrement de nouvelles fonctionnalités, assurant ainsi une adaptation continue aux besoins des utilisateurs.

Que vous soyez dans le commerce, la prestation de services, l’artisanat ou tout autre domaine, Kolirys s’adapte à vos spécificités avec une grande flexibilité et simplicité.

Avec des tarifs attractifs à partir de 9,90 € / mois et une période d’essai gratuite sans engagement, Kolirys est la solution idéale pour toutes les formes juridiques françaises cherchant à optimiser leur gestion quotidienne.

2. Finom

Finom, banque pour les entrepreneurs, freelances et petites entreprises

Solution financière conçue spécifiquement pour les besoins des entrepreneurs, freelancers et petites entreprises.

Pourquoi choisir Finom ?

  • Le meilleur service financier pour lancer une entreprise
  • Le mois gratuit, qui permet largement de tester les services pour se convaincre de leur utilité
  • L’IBAN français en seulement 72 heures
  • Jusqu’à 3% de remboursement
  • Cartes physiques et virtuelles gratuites
  • Simplicité et efficacité : interface intuitive et gestion facile de vos finances
  • Conçu pour les pros : services financiers pensés pour les besoins uniques des professionnels
  • Gain de temps : automatisation des tâches administratives pour te concentrer sur ce qui compte vraiment

3. Facture.net

Facture.net, logiciel de facturation et CRM gratuit

Facture.net est un outil de facturation en ligne, mais également un CRM. Celui-ci vous donne donc accès à une pléthore de fonctionnalités utiles et faciles à prendre en main : création de devis et de factures, évidemment, mais aussi gestion des clients (rendez-vous, appels, opportunités d’affaires), exportation des données, classement par catégories des factures…

Il s’agit d’une solution tout-en-un évolutive, qui répond aux principaux besoins des auto-entrepreneurs afin de faciliter leur quotidien et la gestion de leur facturation, sans fioritures.

Avantages :

  • Conforme à la loi Anti-Fraude TVA
  • L’outil sera compatible avec la facturation électronique dès que celle-ci entrera officiellement en vigueur courant 2026
  • De statistiques et graphiques générés automatiquement pour une meilleure gestion de son chiffre d’affaires
  • La possibilité d’opter pour des fonctionnalités complémentaires payantes, pour suivre au plus près l’évolution des besoins de l’entreprise

Prix : Gratuit à vie

4. Freebe.me

Freebe.me est un outil de facturation pour auto-entrepreneur proposant une gestion avancée de votre entreprise, avec des fonctionnalités telles que l’émission de devis, le calcul de la rentabilité, l’édition de factures, la synchronisation du compte bancaire professionnel, l’automatisation du livre des recettes…

Il s’agit d’une option davantage réservée aux freelances assujettis à la TVA et réalisant un chiffre d’affaires déjà élevé, car dans le cas contraire, certaines fonctionnalités pourraient s’avérer inutiles et superflues.

Avantages :

  • La possibilité d’automatiser la déclaration des cotisations à l’URSSAF
  • Des outils simples pour faciliter le passage à la TVA

Prix : 30 jours offerts puis 84 euros/an.

5. Intia.fr

Initia.fr est une solution de facturation en ligne et un CRM proposant aux auto-entrepreneurs l’édition de leurs factures et devis, la création d’une base client, le suivi des règlements et la relance d’impayés.

Intia est un outil développé par une start-up, proposant également la création de reports analytiques et des intégrations aux plug-ins d’e-commerce selon le forfait d’abonnement choisi.

Avantages :

  • Disponible sans connexion internet
  • L’option « factures de situation », très pratique pour créer plusieurs factures pour un même projet

Prix : 30 jours d’essai gratuit puis 250 euros HT pour la version pro et 450 euros HT par an pour la version furious.

6. MyAE.fr

Créer des factures en ligne, déclarer votre CA et payer vos cotisations, tout en pilotant votre entreprise avec des indicateurs de rentabilité, voilà les fonctionnalités proposées par myAE.fr.

Cet outil de facturation pour auto-entrepreneur propose trois offres différentes, à des tarifs variés, à choisir selon votre budget et vos besoins. Point négatif non négligeable : une interface vieillotte qui manque cruellement d’ergonomie et de clarté.

Avantages :

  • La possibilité d’établir des rapports détaillés
  • Un guide pratique à destination des petites entreprises pour les aider dans leurs démarches administratives et comptables

Prix : Une version gratuite basique, une offre « starter » à 3,90 euros mensuels et un pack « premium » au prix de 8,90 euros par mois.

7. Indy.fr

Indy.fr fait partie des outils de facturation pour les auto-entrepreneurs parmi les plus intuitifs et faciles à prendre en main. Ses fonctionnalités, telles que l’édition de facture et de devis, l’auto-détection de la TVA et le suivi du chiffre d’affaires en temps réel, bien que basiques, sont très pratiques. On note tout de même l’absence de fonctionnalités de gestion de la clientèle.

Avantages :

  • Un accompagnement dans le processus de création d’entreprise
  • L’aide personnalisée au changement de régime

Prix : gratuit pour les entreprises individuelles

Quels sont les critères d’un bon logiciel de facturation pour auto-entrepreneur ?

Au moment de choisir votre logiciel de facturation, il est utile de vous interroger non seulement sur vos besoins actuels, mais également à propos des futurs besoins de votre entreprise : allez-vous passer au régime réel dans les années à venir ? Si vous n’êtes pas encore assujetti à la TVA, le serez-vous bientôt ?

Il est ainsi essentiel de ne pas opter uniquement pour un logiciel basique, mais pour une solution évolutive, qui s’adaptera facilement aux changements à venir dans la vie de votre société, aussi petite soit-elle. Cela vous évitera alors de devoir changer d’outil de facturation pour auto-entrepreneur en cours de route !

Bien entendu, nous ne pouvons que vous recommander de choisir une solution gratuite, afin de limiter autant que possible vos frais : la comptabilité d’une auto-entreprise est simple, et ne devrait pas nécessiter un abonnement à un logiciel de comptabilité. Autant que possible, choisissez en priorité une solution sans frais. Vous aurez tout le loisir ainsi d’opter pour des fonctionnalités payantes supplémentaires dans les années à venir si la nécessité s’en fait ressentir.

Dernier point important : un outil de facturation pour auto-entrepreneur doit demeurer facile à prendre en main. Rappelons que celui-ci a pour objectif de vous simplifier le quotidien, il serait alors contre-productif d’opter pour un logiciel peu intuitif sur lequel vous perdriez de précieuses heures chaque mois.

Notre astuce pour éditer vos factures d’auto-entrepreneur

Gratuit, intuitif, complet, aux fonctionnalités pertinentes et évolutives : voilà la recette d’un bon outil de facturation pour auto entrepreneur.

Bonne nouvelle : notre solution de facturation gratuite, Facture.net, remplit tous ces critères !

N’hésitez pas à l’essayer pour faire passer votre entreprise dans une nouvelle dimension et économiser un temps précieux au quotidien !

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